胎儿亲子鉴定也称“无创产前亲子鉴定”、“无创胚胎期亲子鉴定”、“无创孕期亲子鉴定”，是利用新一代DNA测序技术对母体外周血中的游离DNA片段(包含胎儿游离DNA)进行测序、生物信息分析，从中得到胎儿的遗传信息来确认亲子关系。
 

　　
 

　　无创亲子鉴定主要检测的是SNP，即单核苷酸多态性，人体许多表型差异、药物代谢效率不同及疾病易感性等都与SNP有关。由于SNP含量丰富，具有较高的遗传稳定性，被认为是继STR后的第三代遗传标记。结合母体游离DNA检测技术和基于SNP的遗传分析，就可以进行无创胎儿亲子鉴定。

　　

　　每个人都有两套遗传信息，一套来自父亲，一套来自母亲。每个基因座上的两个等位基因也分别来自父亲和母亲。确定孩子的一个等位基因来自母亲后，另一个等位基因必然来自其生父。疑似父亲并不带有这个生父基因的情况下，就可以排除他是孩子的生父。
 

　　
 

　　如图，母亲的某个SNP基因型为：T/T，胎儿的基因型为T/T, 如上文字所述，孩子的基因型一半来自母亲的T，另一半来自生父的T,胎儿的基因型不能从另一个男子A/A中获得，这种情况就是错配。

　　

　　医学检测13000个SNP位点，否定亲子关系的准确率为100%。